På flyplassen ble en trailer med noen av de døde møtt av blant annet ukrainske militære som stod i æresvakt.
En enkel minneseremoni ble gjennomført før kistene skulle bæres om bord på transportflyet.
– Vi står sammen for de som er døde og de som har mistet noen. På vegne av statsministeren i Australia vil vi sende våre kondolanser, sa en representant for Australia under seremonien.
Ett av de to flyene som skal frakte døde ut av Ukraina er et australsk militært transportfly av typen C-17.
Ifølge BBC er det omtrent 50 kister med døde som onsdag skal flys til Nederland.
Totalt skal 200 døde nå være fraktet ut av krasjområdet og til byen Kharkiv som er kontrollert av myndighetene i Kiev.
I går ble det kjent at det ikke var 282 døde på toget som kjørte ut av krasjområdet som hevdet fra separatistene.
Dermed tror man at det fortsatt er døde i krasjområdet.
Ukrainske soldater stod æresvakt med kistene under en seremoni før de ble lastet om bord på transportflyet.
Foto: GLEB GARANICH / Reuters– Det er fortsatt levninger i krasjområdet som ikke er hentet ut, sa talsmann Michael Bociurkiw for OSSEs observatørgruppe i Ukraina.
Les også:
Møtes av kongelige og statsminister
Flyet med de første døde er ventet å fly til Eindhoven i Nederland.
På flyplassen i Nederland er det planlagt en båreseremoni.
Klokken 16 skal både landets statsminister Mark Rutte og representanter for Nederlands kongehus motta de døde.
Av de 298 døde var 193 nederlendere.
Ifølge nederlandske myndigheter vil mottakelsen markere starten på en nasjonal sørgedag i hele Nederland.
Til stede vil både kong Willem-Alexander og dronning Máxima være til stede, sammen med representanter fra flere av de andre landene som mistet statsborgere.
Også pårørende til de som døde er invitert til båremottakelsen.
Etter at to militære transportfly har landet i Eindhoven vil det spilles et trompetsignal. Deretter vil det være ett minutts stillhet til minne om de døde.
Identifiseringsarbeidet i gang
Etter mottakelsesseremonien vil de døde fraktes til en militærbase hvor arbeidet med identifisering skal starte.
På Korporaal van Oudheusden-basen skal en internasjonal gruppe ledet av Nederland jobbe med identifiseringen.
Arbeidet har allerede startet forsiktig i både Ukraina og Nederland. I Kharkiv har de nederlandske politifolkene opprettet en base for å systematisk sende døde hjem. Der merkes kister, men selve undersøkelsene skal gjøres i Nederland.
I Nederland har politifolk allerede startet arbeidet med å innhente informasjon fra familiene til de døde.
– Siden lørdag har arbeidet pågått, i tre dager allerede. Familiekontakter har innhentet informasjon fra de pårørende om de som er døde, sier talsmann Ed Krasziewski for den nasjonale kriminaltekniske gruppen som jobber med katastrofen.
Svarte bokser overlevert til ekspertene
Samtidig har de svarte boksene, som inneholder taleregistrator og ferdsskriver fra det nedskutte passasjerflyet, kommet til Storbritannia for analysering.
Boksene ble tirsdag, etter flere dagers hemmelige forhandlinger mellom malaysiske representanter og de pro-russiske opprørerne, overlevert til de malaysiske representantene.
De gav boksene videre til de nederlandske luftfartsekspertene som skal lede granskingen, som igjen sendte de videre til Storbritannia for analysering.
I dag kom de til den britiske flyhavarikommisjonens hovedkvarter i Farnborough, sørvest i London, hvor eksperter vil laste ned informasjonen som boksene inneholder i håp at det kan gi en pekepinn på hva som hendte.
