De siste oppdateringene viser at seks mennesker er drept og over 200 er skadet i protestene som pågår flere steder i hovedstaden.
Foreløpig informasjon tyder på at de seks drepte ble skutt eller utsatt for stump vold, uttalte politisjef Tito Karnavian på en pressekonferanse onsdag.
Dødsårsaken er under etterforskning, uttalte han.
Han utelukker ikke at tredjeparter kan ha vært innblandet i opptøyene og opptrådt som provokatører.
Advarte om opptøyer
Den tapende presidentkandidaten, tidligere general Prabowo Subianto, uttalte tirsdag at han ikke ville akseptere at landets valgkommisjon dagen før erklærte sittende president Joko Widodo som valgvinner.
Valget ble holdt 17. april, da verdens tredje største demokrati skulle velge ny president, ny nasjonalforsamling og nye regionale forsamlinger.
- Les:
Subianto ønsker å prøve valgresultatet for domstolen. Han advarte selv om at hans påstander om valgfusk kunne resultere i opptøyer.
Flere tusen demonstranter har gått ut i gatene for å vise sin støtte til den pensjonerte generalen.
Bråk utenfor valgkommisjonens kontor
Over 30.000 politifolk var plassert ut rundt om i hovedstaden, for å forhindre bråk.
De fleste protestmarkeringene gik fredelig for seg, men utenfor valgkommisjonens kontor oppsto det heftige sammenstøt mellom demonstranter og politi.
Demonstrantene satte fyr på kjøretøy og kastet steiner mot politiet, som brukte tåregass og skjøt gummikuler tilbake.
Politiet mener opptøyene var planlagt, og ikke resultat av noen spontan handling.
Blant annet skal enkelte demonstranter har ropt at de var villige til å dø som martyrer for å forsvare Prabowo.
Etter opptøyene besluttet myndighetene å blokkere tilgangen til sosiale medier i enkelte geografiske områder, uten å spesifisere hvilke.
Motstandere i forrige valg
Ifølge valgkommisjonen viste opptellingen fra presidentvalget at sittende president Joko Widodo endte med 55,5 prosent av stemmene, mens Prabowo Subianto fikk 44,5 prosent.
Allerede dagen etter valget mente president Widodo at han hadde vunnet, basert ulike målinger fra meningsmålingsinstitutter. Subianto hevdet at hans team hadde opptellinger som tydet på motsatt utfall.
Den tidligere generalen nekter denne gangen å gi seg, selv om valgkommisjonen mener anklagene er oppkonstruerte.
Forretningsmannen mot generalen
Joko Widodo og Prabowo Subianto var også motstandere under forrige presidentvalg i 2014. Også da bestridte Subianto resultatet, men grunnlovsdomstolen holdt fast på valgkommisjonens konklusjon om seier til Widodo.
Widodo har, i motsetning til Subianto, ingen bånd til den tradisjonelle indonesiske politiske eller militære eliten.
Han hadde vært borgermester i hjembyen Solo fra 2005 til 2012, før han ble guvernør i Jakarta i 2014. Den tidligere møbelselgeren, som var vokst opp i fattige kår, fikk raskt ord på seg for å være en effektiv administrator, men også jordnær og ikke minst ukorrupt.
Prabowo Subianto er eksgeneral og tidligere leder av landets sikkerhetstjeneste.
Han var også svigersønnen til Indonesias sterke leder gjennom 31 år, Ibrahim Suharto. Suharto styrte øygruppen med hard hånd fra 1967 til 1998.
Under sin tid ved makten bygget Suharto-familien opp et mangfoldig privat forretningskonglomerat. I ettertid er det rettet alvorlige korrupsjonsanklager mot den tidligere diktatoren og hans kone, døtre og sønner. Den ene sønnen ble i 2002 dømt for drap og korrupsjon.
Selv har Prabowo Subianto blitt anklaget for å ha vært direkte involvert i grove brudd på menneskerettighetene i løpet av sin tid i hæren på 1990-tallet. Og som leder for landets væpnede styrker skal Prabowo ha bortført demokratiaktivister da Suharto-regimet begynte å vakle. Selv nekter Subianto for alle anklagene.
Nå driver den velbeslåtte pensjonerte generalen en stor ranch utenfor Jakarta, hvor han aler opp rasehester, hunder og falker.
Subianto beskrives som ultranasjonalist og har tilhengere blant konservative muslimer som blant annet er motstandere av rettigheter for homofile.
President Joko Widodo på sin side har blitt beskyldt for ikke å være religiøs nok, og valgte derfor den islamske skriftlærde Ma'ruf Amin som visepresidentkandidat.
- Les også: