Mange hadde også tatt med seg barna til den indiske delstaten for å se på levningene som bare vises fram en gang i tiåret.
Frans Xavier var en av de første jesuittmisjonærene. Han jobbet mye i Asia, spesielt innenfor det portugisiske imperiet. Han ble kanonisert av pave Gregor XV i 1622.
Folk fra hele verden dannet en over kilometerlang kø for å ære relikviene til St Frans Xavier, som er utstilt frem til 4. januar i den tidligere portugisiske kolonien.
Venter over fem millioner besøkende
Arrangørene sier de venter mer enn fem millioner besøkende i løpet av måneden, hovedsakelig fra europeiske og sørasiatiske land.
Alfred Vaz, som leder utstillingen, sier de vil gi besøkende nok tid sammen med relikviene.
– Etter å ha kysset relikviene, kan de være der i noen minutter før du fortsetter videre. Vi har bestemt oss for å være sikre på at pilegrimene får rikelig anledning til å se relikviene, sier han til AFP.
– Følte fred og lykke
Etter en messe ledet av den indiske erkebiskopen, ble relikviene vist i en prosesjon i den historiske byen Old Goa, hvor de er plassert i Se Cathedral.
Tusenvis hadde stilt seg opp for å kysse relikviene før prosesjonen startet.
– Jeg følte fred og lykke, sier den 25-årige russiske turisten Maria Stoikava til nyhetsbyrået AFP.
Hovedfestdagen for St. Frans Xavier er 3. desember. Da er antall besøkende ventet å nå en topp.