Kronprinsessen besøkte landet sammen med utviklingsminister Christian Friis Bach.
Det var under et besøk i flyktningleiren Za'atar hvor 120.000 syriske flyktninger bor, at Mary i hui og hast ble fraktet bort, skriver BT.dk.
Bakgrunnen var at flere av flyktningene gjennomførte en demonstrasjon like ved der det danske besøket befant seg.
Kronprinsessen var i ferd med å la seg intervjue av danske journalister, da en FN-ansatt varslet livvaktene hennes om at situasjonen begynte å bli farlig, skriver avisen.
Mary rakk å ta farvel med lederen av leiren før hun ble kjørt bort i en svart Mercedes sammen med Bach.
Resten av Jordan-besøket skal foregå som normalt,