De to døtrene var ni og ti år gamle og kom fra Jylland.
Faren fikk selv brannskader, og han ble observert av en annen sjåfør som varslet politiet om hendelsen morgenen 12. august.
Den 40 år gamle faren har selv forklart at han forsøkte å redde jentene ut av bilen.
- Les også:
– Ikke lenger en fri mann
– Faren er ikke lenger en fri mann. Så snart han måtte bli utskrevet fra sykehuset, vil han bli varetektsfengslet, sier statsadvokat Tom Köpping til nyhetsbyrået Ritzau.
Han opplyser også at faren, som selv ble sterkt forbrent, har politivakthold på sykehuset.
Faren har benektet at han tente på bilen med vilje og sagt at det var en ulykke.
Barnas sterkt forkullede lik ble bragt til obduksjon av tyske rettsmedisinere.
– Men de toksikologiske undersøkelsene påviser rester av sovemedisin i jentenes blod. Det er en indikasjon mot farens forklaring om at det var snakk om en ulykke, sier statsadvokaten.
- Les også:
Mener farens forklaring ikke kan stemme
Den tyske påtalemyndigheten har også rekonstruert ulykken og funnet ut at farens forklaring ikke kan stemme.
– Vi har brukt den samme biltypen til ulike tester og satt den i brann. Resultatene strider i høy grad mot det faren har fortalt, sier Köpping, som føyer til at saken nå etterforskes som et dobbeltdrap.
Arrestordren ble fredag kunngjort for faren.