Ifølge nettsiden til Brorskapets politiske parti, Frihets- og rettferdighetspartiet, skal nestleder Mahmoud Ezzat overta som øverste leder som følge av pågripelsen av Mohamed Badie.
Rollen er midlertidig, skriver partiet.
Badie ble tirsdag ført til fengselet der Egypts tidligere president Hosni Mubarak sitter, ifølge TV-kanalen Al-Jazeera.