Brannen i regjeringens hovedkvarter brøt ut da det ble kastet bensinbomber mot bygningen, men den ble raskt slukket.
Politiet tok i bruk tåregass for å spre de flere tusen demonstrantene i hovedstaden Pristina. De kastet steiner og flasker mot politiet og satte også fyr på et pansret patruljekjøretøy.
Demonstrantene protesterte mot en avtale meglet fram av EU, som gir den etnisk serbiske minoriteten i Kosovo større makt lokalt og muligheten til å motta pengestøtte fra Serbia.
Kosovo, der flesteparten av innbyggerne har albansk bakgrunn, erklærte uavhengighet fra Serbia med vestlig støtte i 2008. Det skjedde nesten et tiår etter at NATOs luftangrep drev ut serbiske styrker under Kosovokrigen.
Serbia anerkjenner fortsatt ikke sin tidligere sørlige provins som uavhengig, men er under press fra EU for å normalisere forholdet hvis landet skal ha håp om medlemskap i Unionen.
Mange kosovoalbanere frykter den nye avtalen med Serbia utgjør en trussel mot landets ferske uavhengighet, og det har den siste tiden vært en rekke protestaksjoner.