Minst to mennesker ble drept, og 44 ble såret i bombeangrepet, som ble utført med to mindre fly.
Flyene bombet blant annet det statlige skattekontoret i Colombo, ifølge en militær talsmann.
Regjeringshæren har hevdet at de har ødelagt alle flystripene som tamilgeriljaen hadde.
Skutt ned
- Ett av flyene er borte fra radaren. Våre jagerfly forfølger det andre, sa talsmannen.
Rett etter kom meldingen om at flyet var skutt ned utenfor Colombos flyplass, sier talsmannen.
Flyet falt ned ikke langt fra den internasjonale flyplassen. Piloten ble drept.
Myndighetene på Sri Lanka stengte landets eneste internasjonale lufthavn etter flyangrepet.
Regjeringshæren mener at det andre flyet med hensikt krasjet i bygningen som tok fyr. Flyet hadde tilsynelatende eksplosiver om bord.
VIDEO: To mennesker ble drept og minst 44 skadet i et luftangrep mot Sri Lankas hovedstad.
Flyalarm
Flyalarmen gikk i hovedstaden da regjerinsstyrkene nord i landet varslet om at to småfly var observert på vei mot Colombo. Strømmen ble slått av i hele byen, og luftvernsirenene gikk.
Ifløge en sykehuslege ble to mennesker drept, og 44 ble såret i angrepet på skattekontoret. Bygningen sto i brann etter angrepet. Hendelsen er pinlig for regjeringen, som har hevdet at et slikt angrep ikke lenger er mulig.
All trafikk som skulle landet på Sri Lankas hovedflyplass, ble omdirigert til India.