Memon hadde søkt om benåding, men fikk endelig avslag på sin begjæring i forrige uke. På sin 53-årsdag ble han hengt inne i fengselet i Nagpur i delstaten Maharashtra.
257 mennesker ble drept i en rekke bombeangrep i Mumbai 12. mars 1993. Memon ble i 2007 dømt til døden for å ha finansiert angrepene.
Han var dessuten lillebror av Tiger Memon, en av de to som anklages for å være hjernene bak angrepene. Tiger Memon og partneren Dawood Ibrahim har vært på rømmen siden angrepene fant sted.
– Skuffende bruk av rettsystemet
Bombeangrepene var ifølge indiske etterforskere ment som hevn etter at ytterliggående hinduer hadde rasert en moské fra det 16. århundre i den nordindiske byen Ayodha.
Amnesty International kritiserer henrettelsen. De ti andre som er dømt for angrepene, har fått omgjort dødsdommer til livsvarig fengsel.
– Denne henrettelsen vil ikke skape rettferdighet etter angrepene i Mumbai i 1993. Det er et misforstått forsøk på å forhindre terrorisme og en skuffende bruk av rettssystemet til gjengjeldelse, sier Aakar Patel i menneskerettsorganisasjonen i en uttalelse.