Departementet har blant annet ansvar for politiet, og pakken eksploderte på kontoret til sikkerhetsminister Mihalis Chryssohoidis' sikkerhetssjef.
Chryssohoidis satt på sitt eget kontor bare noen meter unna da bomben gikk av. Statsråden slapp imidlertid fra angrepet uten fysiske skader.
Sint Papandreou
Statsminister George Papandreou stemplet i kveld handlingen som "et terrorangrep".
- Mens landet og folket daglig kjemper for å komme ut av krisen, ønsker feige drapsmenn å skade demokratiet og det greske samfunnet, sa en svært indignert statsminister.
Han lovet at de skal få et svar som de fortjener, og aldri nå sitt mål.
Første direkte angrep
Ifølge nyhetsbyrået AFP skal torsdagens angrep være første gang i gresk historie der man har opplevd et angrep som går direkte på hjertet i landets sikkerhetsapparatus.
Bygningen ligger i utkanten av den greske hovedstaden, og bygningen er evakuert. Også politiets hovedkvarter ligger i bygningen.
Lovet å ta de skyldige
Bomben kommer bare tre måneder etter at en 15 år gammel gutt ble drept av en bombe gjemt i en bag i et boligstrøk i Aten.
Moren og søsteren til gutten ble såret i eksplosjonen. Senere sa moren at gutten hadde funnet bagen i en søppelkasse langs veien.
– De skyldige bak denne bomben ser på oss alle som fienden. Vi skal finne dem i løpet av kort tid, sa Chryssochoidis til greske medier den gangen.
