Det opplyser politiet i byen Langsa, hvor flyktningene kom i land fredag. De har forklart at de seilte inn i indonesisk farvann etter å ha blitt stanset av Malaysias marine, som ga dem ordre om å snu.
Båten deres sank etter at de kom inn i indonesisk territorialfarvann.
– Lokale fiskere så båten idet den sank, og hjalp dem, forteller politisjef Sunarya i Langsa i provinsen Aceh.
Mange av flyktningene tilhører den muslimske Rohigya-minoriteten i Myanmar, mens andre kommer fra Bangladesh.
Indonesias marine opplyser at de har hindret en annen båt med flyktninger i å ta seg inn i indonesisk farvann. Samtidig kan myndighetene i Thailand fortelle at de har tauet en flyktningbåt ut på åpent hav, og at den sist ble sett på vei mot Indonesia.
Det er ikke kjent om de to landene refererer til samme fartøy. Flere tusen migranter og flyktninger befinner seg i båter i Sørøst-Asia, og landene i området prøver å unngå å ta imot dem.
- LES OGSÅ:
– Flyktninger avslo tilbud fra Thailand
Nylig ble en båt med 350 flyktninger om bord stanset utenfor Thailand. Thailandske myndigheter sa torsdag de har nektet flyktningene å gå i land, men at de har gitt dem mat og vann.
Flyktningene har drevet rundt i Andamanhavet i flere dager uten mat og vann. Enkelte drikker sin egen urin for å overleve, ifølge BBC.
Fredag sier thailandske myndigheter at de hadde tilbudt flyktningene om å gå i land i Thailand, men at tilbudet ble avslått, fordi de flyktningene ville dra til et «tredje land», skriver CNN.
Flyktningene skal så ha fått hjelp til å fikse båtmotoren, og fortsatte videre mot malaysisk farvann.
– Thailand tillot dem å gå i land, men de sa nei, sier Jeff Labovitz, talsmann for Den internasjonale organisasjonen for migrasjon (IOM), til CNN.
– Det er veldig viktig å nevne, fordi thailenderne gjorde det riktige her.
Ifølge Labovitz var Malaysia flyktningenes ønskede destinasjon. Han tror det er mulig at menneskesmuglere om bord ønsket å unngå thailandske myndigheter, og derfor avslo tilbudet.
«Humanitær katastrofe»
FN har advart om at situasjonen kan utvikle seg til en «massiv humanitær katastrofe».
I løpet av årets første tre måneder har om lag 25.000 flyktninger fra Myanmar og Bangladesh dratt til sjøs, en dobling sammenlignet med samme periode i fjor, ifølge FN.
– Det er viktig at det deles på ansvaret for å få disse personene i land. Førsteprioriteten må være å redde liv, sier Volker Turk hos FNs høykommissær for flyktninger (UNHCR).
Malaysia har svart at UNHCR bør finne et annet land til de trengende. Thailand har også etterlyst mer hjelp fra internasjonale organisasjoner.
Om lag 6.000 rohingya-flyktninger antas å drive rundt på havet.