76 personer er reddet, men flere hundre andre er fortsatt savnet, sier Sahrul Arifin, sjefen for nødtjenestene på kriseberedskapssenteret i provinsen Øst-Java.
Kraftige bølger knuste trebåten omkring 90 kilometer fra kysten lørdag kveld, ifølge Arifin.
– Våre lete- og redningsmannskaper har begynt å finkjemme vannet i området hvor ulykken fant sted, men vi sender likposer til området nå, sier Arifin.
Dårlig vær
Ifølge folk som deltar i redningsoperasjonen er det svært dårlig vær i området, noe som hemmer redningsarbeidet.
.– Det er vanskelig å fortsette redningsoperasjonen på grunn av ekstremt vær og dårlig sikt, sier Brian Gauthier ved redningssentralen.
Mange av de overlevende fløt i sjøen i opp til seks timer før de ble plukket opp av fiskere.
Ifølge Arifin er passasjerene ulovlige migranter fra land som Iran og Afghanistan. Mange båtflyktninger fra Midtøsten og Asia bruker Indonesia som transittland på vei til Australia. Ulykkesbåten var trolig på vei til Christmas Island.
I sjokk
Lokalt TV viste bilder av sterkt pregede overlevende på en klinikk i Trenggalek, en by på sørkysten av Java. Andre er brakt inn til byen Prigi.
En overlevende, den 17 år gamle studenten Armaghan Haidar, sier han lå og sov da stormen kom.
– Jeg kjente vann på føttene og våknet. Da båten gikk ned, fikk folk panikk, begynte å skrike og prøvde å presse seg ut, forteller han.
– Jeg greide å svømme ut og holdt meg fast i siden på båten sammen med 100 andre. Det var 20 eller 30 med redningsvester, og 100 andre inne i båten, sier han videre.
– Det var bare vann rundt oss, ingen øyer, ingenting. De svære bølgene skylte 20 mennesker bort, tilføyde han.
For mange
En australsk advokat som hjelper flyktninger, Jack Smit, sier at de første meldingene tyder på at båten hadde mange flere personer om bord enn den skulle.
En talsmann for indonesiske myndigheter sier båten hadde kapasitet for 100 personer.
Smit sier det ser ut til at det er stadig flere iranere og færre afghanere som forsøker å komme seg til Australia.