Barak sier han har bedt hæren om å innlede en felles etterforskning med egypterne.
Tre egyptiske grensevakter ble drept da israelske soldater gikk til angrep mot væpnede palestinere torsdag.
– Brudd på fredsavtalen
Aksjonen ble gjennomført etter at palestinerne hadde angrepet flere israelske busser og en sivil bil ved Eilat ved Rødehavet. Åtte israelere ble drept i angrepene.
Ifølge Egypts statlige nyhetsbyrå MENA har den flernasjonale observatørstyrken MFO på Sinaihalvøya rapportert om to israelske brudd på fredsavtalen mellom de to landene i forbindelse med militæraksjonen.
– Den internasjonale styrken sier i sin rapport om dødsfallene til egyptisk sikkerhetspersonell at bruddene består i å ta seg inn på egyptisk territorium og løsne skudd på egyptisk side av grensen, melder MENA.
Hentet hjem ambassadøren
Observatørstyrken MFO har sin hjemmel i fredsavtalen fra 1979 og har en norsk kontingent på tre offiserer.
Egypt har reagert kraftig på den israelske militæraksjonen og kaller hjem sin ambassadør til Tel Aviv.
– Egypt har besluttet å hente hjem sin ambassadør inntil det foreligger en offisiell beklagelse, sa den egyptiske stabssjefen Sami Enan lørdag.
Den egyptiske regjeringen har i tillegg kalt Israels ambassadør inn på teppet for å overbringe en krass protest.
15 palestinere drept
Angrepene ved Eilat er fulgt av israelsk bombing av flere mål på Gazastripen.
Lørdag var i alt 15 palestinere drept i løpet av et døgn med israelske angrep mot mål i området, blant annet skal en fem år gammel gutt være drept.
Folk i israelske byer og bosetninger nær Gazastripen har nå fått beskjed om å holde seg i nærheten av tilfluktsrom.
– Hindrer nye terrorangrep
De israelske regjeringsstyrkene (IDF) fastholder at angrepene utelukkende er rettet mot det de kaller «terroranlegg og våpenlagre» på Gazastripen.
– IDFs mål er å hindre nye terrorangrep mot Israels sivilbefolkningen, sier Bjørn Hermann som er skandinavisk talsmann for hæren.
Israel holder Hamas, som har makten på Gazastripen, ansvarlig for terrorangrepet utenfor Eilat. Hamas har de siste to årene hatt en uformell våpenhvile med Israel, men kunngjorde fredag kveld at denne nå er over.
Den arabiske liga har kalt sammen til krisemøte søndag om Gaza.