Totalt 31 arrestordrer ble utstedt av påtalemyndigheten fredag, deriblant for Funes kone, ekskone og to sønner.
– I Mauricio Funes' regjering var det eksempler på alvorlige og skandaløse korrupsjonssaker, der de tok ut 351 millioner dollar fra det offentlige, sier påtaleleder Douglas Menendez.
Beløpet tilsvarer 2,15 milliarder kroner.
Påtaleleder Douglas Menendez under pressekonferansen fredag.
Foto: OSCAR RIVERA / AFPKjenner seg ikke igjen
Den 58 år gamle ekspresidenten tok umiddelbart til Twitter da nyheten om arrestordren ble kjent. Der spør han blant annet hva han har gjort som er ulovlig, og hva korrupsjonen har med ham å gjøre.
– Det er oppsiktsvekkende at påtalemyndigheten fremmer anklager uten å vise til et eneste bevis mot meg, skriver han.
Påtalemyndigheten mener blant annet at Funes, som var president fra 2009 til 2014, tok ut 292 millioner dollar fra en statlig bank, og at deler av summen ble oppbevart som kontanter i store søppelsekker.
- Les:
Mauricio Funes har bodd i eksil i Nicaragua siden 2016. El Salvador håper å få ham utlevert derfra, men Mauricio Funes mener arrestordren er politisk motivert.