Botha var sørafrikansk utenriksminister i 17 år og framsto som en ivrig forsvarer av raseskillepolitikken overfor en kritisk og fordømmende omverden.
Først tre år etter apartheidregimets fall beklaget Botha offentlig at han ikke hadde gjort mer for å avskaffe den institusjonaliserte undertrykkingen av Sør-Afrikas svarte majoritet.
Da han møtte for den sørafrikanske sannhetskommisjonen i 1997 beklaget Botha også at det ikke var gjort mer for å etterforske sikkerhetsstyrkenes drap og tortur på apartheidmotstandere opp gjennom årene.
Året etter vakte det en viss oppmerksomhet da Botha truet med å gå rettens vei for å tilbakevise påstander om at han hadde ligget med en svart kvinne, noe sørafrikanske etterretning angivelig hadde bilder av.
Etter Sør-Afrikas første demokratiske valg i 1994, hentet Nelson Mandela Botha inn i sin nasjonale samlingsregjering der han i to år hadde posten som energi- og mineralminister.
Han trakk seg fra politikken da Nasjonalistpartiet forlot samlingsregjeringen i 1996, men gikk noen år senere ut med støtte til ANCs presidentkandidat Thabo Mbeki.