Angrepene gjorde det vanskelig eller umulig å ta i bruk nettsidene rammet av angrepet.
Sidene som er rammet tilhører banksektoren, høyesterett, store selskaper i privat sektor og forsvars- informasjons- og innenriksdepartementet, skriver japanske Kyodo News.
Også sidene til teknologiinstituttet i Tokyo ble rammet. Nettsidene ble rammet i helgen, og var ikke oppe igjen før i dag.
LES OGSÅ: Kineserne vil gå til krig mot Japan
Advarer Japan
Over halvparten av nettsidene skal ha vært mål for kinesiske hackegrupper. Ifølge japanske politimyndigheter kom angrepene fra Kina.
På hjemmesidene til teknologiinstituttet og høyesterett hadde de angivelige hackerne byttet ut det japanske flagget med det kinesiske.
Frontene mellom Japan og Kina har vært steile etter strid om en øygruppe i Øst-Kinahavet, som begge land gjør krav på. Øygruppen som på kinesisk er kjent som Diaoyu, og som japanerne kaller Senkaku ligger nordøst for Taiwan.
Situasjonen tilspisset seg i forrige uke da Japan kjøpte tre av øyene fra en privatperson.
Kinas neste leder Xi Jinping advarer Japan om at de bør tøyle sin adferd og slutte å undergrave kinesisk suverenitet, skriver BBC. Ifølge Xi er det japanske kjøpet av de tre øyene en farse.
Brente japansk flagg
Tirsdag brente rundt 100 aktivister det japanske flagget i sentrum av Taipei. I over 100 kinesiske byer var det i går demonstrasjoner.
Gjennom helgen har det vært voldelige demonstrasjoner og angrep mot japanske interesser i Kina. Flere japanske bedrifter holder stengt og ansatte holder seg innendørs i frykt for å bli utsatt for kinesernes vrede.
Også i farvannet rundt øygruppen er det mye aktivitet for tiden.
Kina sendte seks krigsskip til området i helga, og en flotilla på rundt 1000 kinesiske fiskebåter er ventet å nå øygruppen senere i dag.
Den japanske kystvakten har også sendt båter til området, men har blitt bedt om å trekke seg ut av kineserne som mener de befinner seg i deres farvann.
LES OGSÅ: