Leger Uten Grenser (MSF), som driver senteret, sa de ble tvunget til å stenge senteret og evakuere sin stab etter at sinte lokale beboere anklaget organisasjonen for å ha brakt den farlige sykdommen til området.
En talsmann for MSF, Sam Taylor, sier at de har god kontakt med lokalmyndighetene og forsøker å åpne senteret igjen så fort som mulig så de kan fortsette arbeidet med å begrense epidemien.
Han sier at folk er redde, men at det er nødvendig at pasienter holdes isolert om de skal få bukt med epidemien.
Over 90 mennesker er allerede døde i Guinea, Liberia og Sierra Leone siden den fryktede sykdommen dukket opp for første gang i Vest-Afrika for et par uker siden.
Verst i Guinea
Guinea er verst rammet med 86 døde av ebola-lignende symptomer av 137 registrerte smittede, men torsdag ble det oppdaget tre mulige tilfeller i Mali.
Omar Sangare fra Malis helsedirektorat, sier at alle tre er maliske statsborgere som bodde i nærheten av grensa til Guinea.
MSF, Verdens helseorganisasjon WHO og lokale myndigheter i hele regionen trapper nå opp innsatsen for å begrense epidemien.
MSF advarer mot en epidemi av uoverskuelige dimensjoner i den svært fattige regionen der grunnleggende helsetjenester mange steder mangler.
Utbruddet i Guinea er første gang sykdommen er sett i Vest-Afrika, men epidemier skjer med jevne mellomrom i Sentral-Afrika, særlig i Kongo.
- Les også:
Lite kunnskap
Den nye sykdommen har ført til panikk i tradisjonelle samfunn der de har lite kunnskap om sykdommen og hvordan den overføres.
Det er også oppdaget tilfeller i hovedstaden Conakry, der det er fare for at epidemien kan spre seg raskt i utstrakte slumområdene der folk bor tett.
Det fins ingen behandling for sykdommen som i et flertall av tilfellene fører til en smertefull død i løpet av få dager.
Ekspertene sier den eneste måten å begrense smitten på, er å isolere pasientene, men det er ikke så lett i tradisjonelle samfunn, der sosiale forpliktelser og ritualer er viktig.
- Les også:
Frykt for spredning
Tilfellene som er oppdaget i Mali skaper frykt for at det kan utvikle seg en stor epidemi i hele Vest-Afrika.
Myndighetene i Senegal har stengt grensa mot Guinea for å hindre spredning, og i Mauritania lenger nord er det innført skjerpet kontroll langs grensa.
Utenlandske gruveselskaper har stengt ned noen av sine operasjoner i Guinea og evakuert personell fra landet, og franske helsemyndigheter er spesielt oppmerksom på reisende som kommer fra Vest-Afrika.
- Les også: