Piloten klarte å skyte se ut av flyet og har blitt fraktet til et lokalt sykehus.
TV-bilder viser at minst et hjem ble satt i brann da flyet krasjet i byen Imperial, drøyt 14 mil fra San Diego.
Nabo Adriana Ramos (45) forteller at huset hennes ristet da flyet traff bakken.
– Det følte ut som at en bombe gikk av i bakgården. Hele huset mitt beveget på seg, forteller Ramos.
Jose Santos kjørte forbi området og sier han så «flyet falle rett ned mot bakken.»
– Jeg kjørte mot hvor røyken kom fra og så piloten som fikk hjelp fra politi og lokalbefolkningen. Det så ikke ut som at han ble alvorlig skadet, forteller Santos til BBC.
Flyet var av typen AV-8B Harrier jet. Det er foreløpig uklart om noen på bakken ble skadd, melder BBC.