Det kommer frem i rapporten I Had to Run Away, som menneskerettighets-organisasjonen Human Rights Watch offentliggjorde onsdag.
Rapporten forteller om kvinner som fengsles fordi de har rømt fra voldelige ektemenn, og andre som er fengslet etter at det er blitt voldtatt.
Human Rights Watch skriver at regjeringen til Hamid Karzai ikke har oppfylt sine forpliktelser under internasjonale menneskerettighetslover.
I rapporten krever Human Rights Watch at regjeringen løslater 400 kvinner og jenter som er innesperret i fengsler eller ungdomsinstitusjoner.
Tvangsgiftet som 12-åring
Blant de triste skjebnene i rapporten er en kvinne som omtales som Homa K.
Hun ble tvunget til å gifte seg med ham da hun var 12 år, mens mannen var 10 år eldre.
Mannen drakk, brukte opium, slo både henne og deres to døtre rutinemessig og klarte ikke å støtte familien økonomisk.
En dag i 2009 slo ektemann den ene datteren så hardt at han knuste tennene hennes.
Da tok Homa med seg barna og, ved hjelp av bestefaren og en fetter, så flyktet hun til enn annen provins.
Etter å ha bodd i skjul i ett år, vendte hun tilbake til en region i nærheten av foreldrenes hjem.
Etter noen måneder ble hun arrestert og tiltalt for de «moralske forbrytelsene» å «rømme hjemmefra» og «zina».
Det siste er seksuelt samvær mellom to personer som ikke er gift og skyldes at ektemann anklaget Homa for å ha hatt sex med fetteren som hjalp henne å flykte.
Homa K. ble dømt til sju års fengsel. Der sitter hun nå innesperret sammen med sine to døtre, 22 år gammel.
Artikkelen fortsetter under bildet.
Flere sterke historier
Homa er bare en av kvinnene som står frem med sine historier i rapporten.
– Fra jeg kom inn i denne verdenen var det min skjebne å bli ødelagt, sier 17 år gamle Amina.
Hun tilbrakte flere måneder i fengsel etter å ha blitt tvunget inn i prostitusjon.
Jevngamle Khalida P. sitter fengslet for å rømt med en gutt som hennes foreldre nektet henne å gifte seg med.
– Foreldrene mine kommer hver uke og besøker meg. Hver gang sier de til meg at de snart skal betale fangevokterne for å gi meg til dem, og at da kommer de til å drepe meg, forteller 17 år gamle Khalida til Human Rights Watch.
Artikkelen fortsetter under bildet.
Ti år etter Taliban
– Det er rystende at ti år etter at Taliban ble styrtet, så blir kvinner og jenter fortsatt fengslet for å ha rømt fra vold eller tvangsekteskap, sier Human Rights Watch-direktør Kenneth Roth til BBC.
Han forteller at kvinnene ofte blir dømt på basis av tilståelser som blir avgitt uten advokat til stede, eller tilståelser som er blitt lest opp og underskrevet av kvinner som hverken kan lese eller skrive.
– Etter domfellelse får kvinnene rutinemessig lange fengselsstraffer, i noen tilfeller på over ti år. sier Kenneth Roth.
Anklager president Karzai
HRW-sjef Kenneth Barr anklager Afghanistans president, Hamid Karzai for å være mindre opptatt av kvinners rettigheter fordi vesten er i ferd med trekke styrkene sine ut av landet.
Barr sa at Karzai «viser en mer konservativ side» og sender signaler til Taliban og mektige afghanske tradisjonalister mens «han forsøker på finne ut hvordan han skal overleve de neste par årene».
En talsmann for president Hamid Karzai toner ned rapporten.
- I løpet av det siste tiåret er kvinnenes stilling blitt klart forbedret. Grunnloven og landets lover beskytter kvinnenes rettigheter, sier talsmann Aimal Faizi til nyhetsbyrået AFP.
- Les også: