Ghoga har levert sin avskjedssøknad etter uker med protester, melder Al Jazeera.
Ghoga, som også fungerte som talsmann for overgangsrådet, har vært utsatt for økende motstand blant folket.
En grunn til det kan være hans sene fratredelse fra Gaddafi-regjeringen.
Innbyggere i Benghazi har protestert i snart to uker, og roper at de krever mer rettferdighet fra Libyas ledere.
Demonstranter stormet regjeringsbygget i Benghazi da Ghoga befant seg inne i bygget for kort tid siden.
Lederen av overgangsrådet Mustafa Abdel Jalil har akseptert Ghogas oppsigelse.
Hvem som skal overta for Ghoga er uklart. Det skal ifølge overgangsrådet holdes en avstemming.
– Vi går gjennom en politisk bevegelse som i verste fall kan få landet ned i avgrunnen, sa Abdel Jalil på en pressekonferanse i Benghazi.
