De tre personene, alle i 20-årene, ble brakt til Shifa-sykehuset i Gaza.
Skuddene ble avfyrt etter palestinske rakettangrep mot Israel, opplyser sykehuset i en uttalelse.
Adham Abu Selmaya, talsmann for helsemyndighetene i Gaza, opplyser at skuddene kom fra en israelsk stridsvogn nær grenseovergangen Karni.
Ifølge Selmaya var den drepte palestineren i ferd med å gjennomsøke ruiner på jakt etter stål og sement han kunne resirkulere, da han ble beskutt.
En talsmann for det israelske militæret benekter overfor AFP at det israelske forsvaret var involvert i hendelsen, som han beskriver som en intern palestinsk affære.
Uten å utdype bekrefter talsmannen at en rakett ble skutt fra Gazastripen mot Israel fredag.
Ingen ble såret av raketten, som landet i Negev-ørkenen.
Les også: