Den 45 år gamle kvinnen ble pågrepet i landsbyen Mala Subotica nord i landet forrige helg, opplyser påtalemyndigheten ifølge AFP.
Etter en ransaking av huset hennes fant de et lik i fryseboksen. Politiet mener dette kan være kvinnens søster, som forsvant mens hun bodde i hovedstaden Zagreb i 2000. Hun var da 23 år gammel.
– Vi antar at liket som er funnet i fryseren er en kvinne som ble født i 1977, og som ble meldt savnet i august 2005, sier politiets talsmann Nenad Risak til AFP.
Ifølge avisen Vecernji List tok det fem år før familien meldte henne savnet.
Faren til de to kvinnene, som døde for noen år siden, skal tidligere ha sagt at han fikk beskjed om at den savnede datteren hadde fått jobb på et cruiseskip.
Påtalemyndigheten skriver i en pressemelding at kvinnen er mistenkt for å ha drept søsteren sin i 2000 eller 2001, for så å gjemme liket i en fryseboks i gangen på bakkeplan i huset. Hun skal ha bodd der med familien sin.
Politiet venter fortsatt på obduksjonsrapporten, og vil foreløpig ikke si noe mer om funnet.
