På det årlige TV-showet der russere kan ringe inn sine spørsmål sa Putin at Russland har problemer med enkelte tyrkiske politikere «som vi mener oppfører seg uskikket».
Deretter anklaget han dagens tyrkiske lederskap for å samarbeide med radikale grupper i stedet for å bekjempe dem.
Tyrkia og Russland står på hver sin side i Syria-krigen. Mens president Vladimir Putin har stått fast ved president Bashar al-Assads side hele veien, har Tyrkia aktivt støttet opprøret mot Assad-regimet.
Tyrkia støtter flere militante grupper i Syria som Russland kriger mot. Sørøst i Tyrkia har hæren siden i fjor sommer bombet den kurdiske PKK-geriljaens stillinger i en massiv militærkampanje mot kurdiskbefolkede områder
Advarer turister
President Putin advarer også russiske turister mot å reise til Tyrkia fordi de etter hans mening ikke er trygge på grunn av terrortrusselen.
– Det er altfor tidlig å diskutere om flyavganger kan gjenopptas til Tyrkia og Egypt, sa Putin.
– Tyrkia og Russland er fremdeles venner, men vi har visse problemer med den tyrkiske ledelsen, sa Putin på sitt litt sarkastiske vis, sier Moskva-korrespondent Morten Jentoft.
Forholdet mellom Russland og Tyrkia har vært svært spent siden sistnevnte skjøt ned et russisk kampfly på grensa til Syria i fjor.
- Putin lukker ikke døren til Tyrkia. Men etter at Tyrkia skjøt ned det russiske jagerflyet i november fjor, så er forholdet fremdeles på frysepunktet, sier Jentoft.
Putin inviterer alle sine undersåtter til samtale på direktesendt russisk TV.
- Les også: Putin truer Tyrkia med konsekvenser
Les også: Heftig ordkrig mellom Erdogan og Putin
Les også: Tyrkias kamp mot IS og PKK