Det sier en kilde i landets overgangsregjering til nyhetsbyrået Reuters.
Bakijev landet torsdag kveld i nabolandet Kasakhstan, hvor han skal ha samtaler med landets president.
– Kirgisistans president har dratt til Kasakhstan, hvor han vil føre forhandlinger for å finne en løsning på krisen, sier Bakijevs rådgiver Ravsjan Dzjamgyrtsjijev.
Han etterkommer dermed et viktig krav fra den kirgisiske overgangsregjeringen.
De nye makthaverne har truet med å arrestere ham. Eks-presidenten har tidligere gitt motstridende svar på om han vil trekke seg, etter at han måtte flykte fra landets hovedstad.
Organisasjonen for sikkerhet og samarbeid i Europa (OSSE), som for tiden ledes av nettopp Kasakhstan, bekrefter at Bakijev har forlatt Kirgisistan.
Vil unngå borgerkrig
OSSE beskriver den siste utviklingen som et viktig skritt for å avverge borgerkrig i landet.
USA, Russland og Kasakhstan samarbeidet om å få den avsatte lederen ut av landet, ifølge den kasakhstanske utenriksministeren.
– Nursultan Nazarbajev inviterte meg personlig til Kasakhstan, skal den avsatte presidenten tidligere ha sagt til kirgisiske medier.
Nazarbajev er Kasakhstans president.
Ultimatum
Bakijev ble avsatt 7. april og reiste da til hjemprovinsen Jalalabad sør i landet. Den midlertidige regjeringen i Kirgisistan ga tidligere denne uken Bakijev et ultimatum om å overgi seg. Hvis ikke ville soldater bli sendt til området for å arrestere ham, var beskjeden fra landets fungerende statsminister Roza Otunbajeva.
Bakijev nektet først å overgi seg, men forandret mening underveis og sa han var villig til å forhandle med de nye makthaverne.
Torsdag kom altså meldingene om at han hadde forlatt landet og reist til Kasakhstan. Tidligere samme dag opplyste han at Hviterussland hadde tilbudt ham asyl, men at han hadde takket nei til det.
Skyting under protest
Tidligere torsdag ble det løsnet skudd under en demonstrasjon sør i Kirgisistan. Bakijev talte til en gruppe tilhengere i byen Osj da skytingen begynte. Den avsatte lederen ble raskt kjørt bort fra stedet.
Også motstandere av Bakijev demonstrerte i Osj. Deres markering fant sted bare noen hundre meter fra stedet hvor den avsatte presidenten holdt tale.
Om lag 2.000 mennesker skal ha deltatt i protesten mot Bakijev. Noen av dem holdt paroler hvor det sto «Vi ønsker ikke blod».
Bakijev ble avsatt i forrige uke etter omfattende opptøyer og sammenstøt i den kirgisiske hovedstaden Bisjkek. Minst 84 mennesker ble drept og hundrevis såret i urolighetene.
