Samtidig er 100 mennesker såret i kampene, og over halvparten av de sårede er kvinner og barn, ifølge legen Taher Wehli.
Kampene skal ha stått mellom touboustammen og zwaistammen.
Den libyske byen Kufra, som har omkring 40.000 innbyggere, ligger der hvor grensene mellom Egypt, Tsjad, Sudan og Niger møtes.
De harde kampene kommer kort tid før Libya 7. juli arrangerer sitt første valg etter 42 år under Muammar Gaddafis diktatur. Gaddafi ble styrtet og drept i fjor.