Regnværet har satt store områder under vann og utløst en rekke jordskred i 16 distrikter på Java.
– Redningsoperasjoner pågår for å lete etter ofre. Titalls hus er ødelagt og begravd i jordskred og tusenvis av andre er satt under vann, sier en talsmann for det nasjonale katastrofedirektoratet, Sutopo Purwo Nugroho.
– Purworejo-distriktet er hardest rammet og de fleste har omkommet i en rekke landsbyer der, sier han.
Forventer mer regn
Kraftig regn og flom rammet Vest-Sumatra på torsdag og fredag, som førte til at en person omkom og flere tusen måtte flykte fra hjemmene sine.
Juni er vanligvis en relativt tørr periode i regionen, men det er nå sendt ut varsler for mer regn i slutten av juni og begynnelsen av juli i fem regioner.
Det er ventet mer kraftig regn i Indonesia de neste to dagene.