Minst 128.000 har allerede vendt tilbake. Samtidig venter titusener i flyktningleire i Nord-Sudan på å kunne reise hjem, ifølge hjelpeorganisasjoner.
Siden folkeavstemningen om Sør-Sudans uavhengighet i januar i år, er minst 400.000 sudanere blitt fordrevet.
Området hadde allerede flere internt fordrevne enn noe annet sted i verden, og det siste halvårets nye flyktningstrømmer vanskeliggjør en allerede stor humanitær utfordring.
– Etnisk rensing
I Nord-Sudans hovedstad Khartoum venter minst 17.000 mennesker på å reise tilbake til sør, mens 15.000 gjør seg klare i Kosti, sørøst for hovedstaden.
Mellom dem og målet ligger områder hvor det i dagene før delingen av Sudan ble meldt om blodige kamper og voldsbruk mot lokalbefolkningen. I begynnelsen av juni blusset konflikten opp igjen i Sør-Kordofan, der mange humanitære organisasjoner og FN mener det har foregått etnisk rensing.
Trolig er nubafolket, som bor i de isolerte Nuba-fjellene midt i delstaten, blant de hardest rammede. Søndag skrev The Guardian at FN beskylder Nord-Sudan for å ha bombet og torturert sivile i disse områdene, samtidig som FNs fredsbevarende styrker i området skal ha blitt villedet.
Dette kommer fram i to ferske konfidensielle rapporter som skal oversendes FNs sikkerhetsråd, ifølge avisa.
Utilgjengelig
Lengst sør i Sør-Kordofan ligger det strategisk viktige området Abyei, som verken nord eller sør vil gi fra seg.
Bare siden mai har minst 100.000 fastboende som mener området tilhører sør, måttet forlate området som nordsudanske styrker tok kontroll over i mai.
Ifølge FNs matvareprogram er store deler av grenseområdene nærmest utilgjengelig for hjelpeorganisasjoner, og drikkevann, husrom og medisinsk hjelp er ressurser som kun når fram til et fåtall.
Darfur
Samtidig er flere hundre tusen mennesker også fordrevet fra konflikten i Darfur, vest i Nord-Sudan. Opprørsgrupper kjemper mot regjeringsstyrkene, og nye kamper på bakken samt luftangrep har foregått gjennom våren i år.
Analytikerne venter ingen slutt på den nesten ti år lange konflikten – som har foregått parallelt med konflikten mellom Nord- og Sør-Sudan som undertegnet fredsavtalen i 2005.
Opprørerne ønsker mer uavhengighet av myndighetene i Khartoum, og konflikten har pågått siden 2003, da kravet om større selvstyre førte til en av verdens største humanitære kriser. 2 millioner mennesker ble drevet på flukt.