Både helikoptre, båter og dykkere ble satt inn i søket.
– Rundt klokken 13.45 onsdag fant dykkere den avdøde gutten. Han er hentet opp av vannet og skal formelt obduseres, sier sheriff Jerry Demings i Orange County, ifølge Orlando Sentinel.
Demings opplyser at guttens kropp var tilsynelatende fysisk uskadd da han ble funnet.
– Druknet etter å ha blitt dratt under vann
2-åringen, som ifølge sheriffen het Lane, ble funnet druknet om lag 14 meter fra strandkanten.
– Det synes som om Lane druknet etter å ha blitt dratt ut i innsjøen og under vann av alligatoren, sier Demings.
Foreldrene, Lane og hans fire år gamle søster hadde vært på ferie ved hotellet Disney's Grand Floridian Resort & Spa i nærheten av fornøyelsesparken Disneyworld utenfor Orlando i Florida siden søndag.
Hotellet eies av Disney.
Faren forsøkte å kjempe mot alligatoren
Ulykken skjedde ved 21-tiden tirsdag kveld lokal tid, da familien slappet av på stranden ved hotellet.
Lane lekte i vannkanten da han plutselig ble angrepet av en alligator. Øyenvitner har fortalt at angrepet skjedde svært raskt.
Ifølge sheriffen løp 2-åringens far ut i vannet og kjempet forgjeves for å forsøke å redde gutten fra alligatoren, mens moren ropte etter hjelp.
De måtte bli hjelpeløse vitner til at alligatoren dro med seg sønnen deres under vann.
– Vi er knust og svært lei oss for denne tragiske ulykken, og vi gjør hva vi kan for å hjelpe familien i denne vanskelige tiden, sier George A. Kalogridis, leder for Walt Disney World Resort.
Det skal ha vært satt opp skilt som advarer mot å svømme i sjøen, men det skal ikke ha vært noen advarsler mot at alligatorer også kunne ligge på lur i strandkanten.
– Skal avlive alligatoren
I søket etter gutten har til sammen fem alligatorer blitt fanget og avlivet i det aktuelle området, men det er foreløpig ikke klart om alligatoren som angrep Lane, er blant dem, skriver Orlando Sentinel.
– Vi skal sørge for at vi får tak i den alligatoren og får den fjernet. Vi skal gjennomføre undersøkelser og enten få bekreftet at en av alligatorene vi allerede har tatt, er den som angrep barnet, eller så skal vi fortsette å lete etter den, opplyser Nick Wiley i Florida Fish and Wildlife Conservation Commission.