Likene av de drepte lå på begge sider av hovedveien inn i byen, der et kompani soldater forsøkte å sette opp ei veisperring for å holde tilbake en gjeng på mange hundre kristne ungdommer.
Ungdommene var utstyrt med klubber og macheter, forteller en korrespondent for AFP på stedet.
Flere titalls muslimer skal ha blitt såret og minst 5.000 jaget på flukt, melder AFP.
Onitsha er dominert av kristne. Flere byer i Nigeria har de
siste dagene vært preget av voldelige sammenstøt mellom ulike religiøse grupper.