Da over 95 prosent av stemmene var telt opp, hadde Jusjtsjenko fått 52,9 prosent. Statsminister Janukovitsj hadde fått 43,3 prosent.
Den sentrale valgkommisjonen har sagt i en uttalelse at opposisjonslederen er valgets seierherre.
- I mer enn 14 år har vi vært uavhengige, men først nå er vi fri. Dette er en seier for det ukrainske folket og for Ukraina som nasjon, sa Jusjtsjenko til sine tilhengere i morges.
Opptellingen bekrefter antydningene fra to ulike valgdagsmålinger, som gav favoritten Jusjtsjenko mellom 15 og 20 prosentpoeng flere stemmer enn motstanderen Janukovitsj.
Målingen bygget på svar fra 30.000 velgere fra hele den tidligere sovjetrepublikken.
Også etter forrige valgomgang, som senere ble annullert, viste valgdagsmålingene at Jusjtsjenko hadde vunnet.
I overkant av 77 prosent av Ukrainas stemmeberettigede deltok i den avsluttende valgrunden. Det er om lag på høyde med de to tidligere valgrundene.
Valgobservatørene har ikke meldt om omfattende valgfusk eller andre uregelmessigheter rundt valget. Imidlertid klager tilhengerne til statsminister Janukovitsj på omfattende brudd på valgreglene.
Titusener av opposisjonens oransjekledde tilhengere feiret seieren på forskudd i Kievs gater i natt.
Det endelige resultatet vil trolig foreligge utpå dagen mandag.