Mannen sitter nå i avhør, og sjefen for politiet i landet, Da'i Bachtiar, sier at mannen har fortalt at han eide minibussen som ble brukt i bombeangrepet.
Mannen, identifisert som Amrozi, skal ha sagt at han brukte bilen til å plante bomben, ifølge politiet.
- Amrozi har innrømmet det, og nå jager vi hans medsammensvorne, sier Da'i Bachtiar.
En talsmann for det internasjonale etterforskningsteamet, general Edward Aritonang, sier at Amrozi ble arrestert på Java på tirsdag, og deretter fløyet til Bali. Han sitter fortsatt i avhør.
- Det er mange ting som skal kryss-sjekkes og nøye etterforskes, sier Aritonang.