Han var 33 sekunder bak vinneren Finn Hågen Krogh.
Krogh slo svenske Anders Södergren med ni sekunder, mens Per Kristian Nygård tok tredjeplassen.
Plasseringen var likevel solid framgang for Northug som ble nummer 31 på prologen på fredagens sprint.
Marcialonga som Northug gjennomførte forrige helg kostet nordtrønderen hardt.
Det var et sterkt startfelt i Granåsen hvor blant andre NM-toeren Andrew Musgrave fra Skottland ble nummer 10 og NM-treeren Ronny Fredrik Ansnes ble nummer fem.
Kvinnenes 10 km fri teknikk ble vunnet av Martine Ek Hagen. Hun vant med 23 sekunders margin til Maren Wangensteen.