Politiet ble varslet om en mann var funnet nedfor Tollbugaten i havnebassenget klokken 08.45.
Alle nødetater rykket ut til stedet tok vedkommende opp av sjøen. Mannen ble deretter bekreftet død.
Ifølge operasjonssentralen er vedkommende en mann i 60-årene fra Vadsø.
– Avdøde vil bli sendt til obduksjon, skriver politiet på Twitter.
Operasjonsleder i Finnmark politidistrikt, Lars Rune Hagen, sier de har iverksatt etterforskning.
– Det er ikke så mye som vi vet på nåværende tidspunkt med tanke på hva som har skjedd. Det blir bare hypoteser, sier han.
Pårørende er varslet, ifølge politiet.
iFinnmark skriver at det var to fiskere som fant den avdøde mens de var på vei til båten sin torsdag morgen.