Mannen, som er i 40-årene, skal ifølge tiltalen ha satt en sprøyte på jenta før han forgrep seg på henne.
Overgrepet ble anmeldt i 2011, og statsadvokaten har gjentatte ganger måttet purre på saken.
Sentralt vitne pågrepet
Like etter at saken kom i gang torsdag morgen, har tingretten tatt en midlertidig pause.
Det fordi et sentralt vitne ikke har møtt, og retten er usikker på om fraværet er gyldig, men dette vitnet skal nå være pågrepet av politiet og blir fraktet til Vadsø. Dermed vil rettsaken gå som planlagt i formiddag.
Det er fornærmede som først skal forklare seg for Øst-Finnmark tingrett.
Slakter saksbehandlingstiden
Bistandsadvokaten er meget kritisk til politiets behandlingstid.
– Det er helt krise at det tar tre år for politiet å få ferdigstilt en sak uten tekniske beviser, sier bistandsadvokat Kjetil Nilsen.
Han mener behandlingstiden har vært uvanlig lang.
– Saken har vært innom eller blitt purret på av statsadvokaten fem ganger, sier Nilsen
NRK oppdaterer saken.