Jamaicaneren klokket i mål med tiden 9,80. Bolt slo amerikaneren Michael Rogers på annenplass med ti hundredeler.
100-meteren var en av få øvelser fredag som ikke var en del av Diamond League-programmet i Brussel.
– Det var mitt siste løp denne sesongen. Tiden var nær min årsbeste (9,77), så jeg er fornøyd, sa Bolt etter seieren.
Han valgte å stå over 200-meteren fordi han følte seg sliten. Bolt tok tredobbelt gull under friidretts-VM forrige måned.
Jays avsluttet med årsbeste
Jaysuma Saidy Ndure løp inn til årsbeste og ble nummer fem på 200 meter under Diamond League-stevnet i Brussel fredag. Jamaicanske Warren Weir vant. Ndure hang lenge godt med, men det ble for tøft på den siste tredelen av løpet. Han klokket inn til femteplassen med tiden 20,23.
Sprintkongen Usain Bolt sto over 200-meteren. Dermed grep landsmannen Weir sjansen og vant distansen med tiden 19,87.
Også annenplassen ble jamaicansk. Nickel Ashmeade endte seks hundredeler bak Weir. Amerikaneren Walter Dix ble nummer tre.
Massefall på 1500-meteren
Andreas Thorkildsen endte på sjetteplass i spyd med 82,00 meter. Det resultatet fikk han i andre omgang, etter å ha åpnet med 77,44. I tredje omgangskastet han dødt, og så ga han seg.
Tero Pitkämäki vant med 87,32, foran Vietzslav Vesely med 86,67.
Kvinnenes 1500 meter ble vunnet av Sveriges Abeba Aregawi på 4.05,41. Det løpet ble preget av et massefall ved passering en runde fra mål. Fem-seks jenter snublet i hverandre og falt i en røys på målstreken.
Se massefallet her: