Den tyske spurtkanonen Andre Greipel vant etappen og overtok ledertrøya i rittet.
Greipel slo tilbake etter onsdagens skuffelse og spurtslo Peter Sagan og Nacer Bouhanni.
– Det er mulig det så enkelt ut, men det er langt ifra virkeligheten, sa Greipel.
På annen etappe mistet tyskeren kjedet og fikk ikke være med da Kristoff sprintet til sin første etappeseier for sesongen.
35.-plass til Kristoff
Med torsdagens seier overtok Lotto-rytteren også sammenlagtledelsen i Oman rundt. Kristoff måtte ta til takke med en beskjeden 35.-plass, men beholder tredjeplassen i sammendraget. Leigh Howard ble dyttet ned til annenplassen.
– Tøff avslutning. Jeg klarte å henge med inn, men hadde ikke bein til å spurte med. Imponerende seier av Andre Greipel, tvitret Kristoff.
Torsdagens etappe var 145 kilometer lang og gikk fra Bank Muscat til Al Bustan. Rittet avsluttes søndag.