Spanjolen er nå 33 sekunder foran den tidligere lederen, Vincenzo Nibali fra Italia.
Spanske Mikel Nieve vant dagens etappe, en 181,4 kilometer lang etappe som ble avsluttet med klatring opp til Cotobello.
Rodriguez ble nummer fire på etappen, 1.22 bak, mens Nibali ble nummer ti og dermed måtte gi fra seg ledelsen.
Thor Hushovd ble nummer 99 på etappen, 30.34 minutter bak Nieve.
Tempoetappe onsdag
Tirsdag er det hviledag i Spania rundt, mens det onsdag er en 46 kilometer lang tempoetappe der mye kan avgjøres.
Nibali er normalt en sterkere temporytter en Joaquin Rodriguez, men må muligens sikre seg et forsprang før lørdagens tøffe klatreetappe.
Spania rundt avsluttes søndag.
Resultater
16. etappe, 181,4 km Gijon - Cotobello:
1) Mikel Nieve, Spania (Euskatel) 4.51.59,
2) Frank Schleck, Luxembourg (Saxo Bank) 1.06 min. bak,
3) Kevin De Weert, Belgia (Quick Step) 1.08,
4) Joaquin Rodriguez, Spania (Katusha) 1.22,
5) Luis Leon Sanchez, Spania (Caisse d'Epargne) 1.32,
6) Ezequil Mosquera, Spania (Xacobeo) 1.40,
7) David Garcia, Spania (Xacobeo) 1.42,
8) Nicolas Roche, Irland (AG2R) 1.44,
9) Carlos Sastre, Spania (Cervelo) 1.50,
10) Vincenzo Nibali, Italia (Liquigas) 1.59.
Norsk: 99) Thor Hushovd (Cervelo) 30.34.
Sammenlagt:
1) Rodriguez 70.24.39,
2) Nibali 0.33 min. bak,
3) Mosquera 0.53,
4) F. Schleck 2.16,
5) Roche 3.01,
6) Peter Velitz, Slovakia (HTC) 4.27,
7) Thomas Danielson, USA (Garmin) 4.29,
8) Xavier Tondo, Spania (Cervelo) 4.43,
9) Sastre 4.53,
10) David Garcia, Spania (Xacobeo) 6.23.
Norsk: 117) Hushovd 2.48.07.
