Da hun kom inn etter den andre runden trodde hun at hun hadde gått på tre slag under par, men dommerne hadde noe å utsette på Pettersens hull 13.
Utslaget hennes gikk ut i skogen og dommmerne gav henne i ettertid to straffeslag for å ha tatt bort en gren slik at ballen hennes flyttet seg.
Oslo-jenta ligger nå åtte slag bak Paula Creamer som fortsatt leder den prestisjefylte turneringen "Tournament of Champions".
Jin Joo Hong er fem slag bak på andreplass, mens svenske Annika Sörenstam ligger på tredjeplassen.
Verdensener Lorena Ochoa lå langt nede på resultatlisten etter gårsdagens runde, men spilte seg opp på fredagens runde og er nå på 10.plass.
Turneringen avsluttes søndag.