Pearson, som har VM- og OL-gull på distansen, vant på tiden 12.81, mens Pedersen fulgte bak på tiden 12.94.
Pedersens personlige rekord er 12.86, satt under VM i Beijing i 2015.
Pedersen hadde en forrykende åpning og overrasket både Pearson og de britiske kommentatoren på BBC 2.
– God gjennomkjøring
Det holdt likevel ikke helt til mål for hekkeløperen, som har VM i august som sesongens store mål.
– Det var en helt syk stemning her og det ble en veldig, veldig god gjennomkjøring, men det glapp litt mot slutten når jeg virkelig skulle «kicke ass».
Det sier Pedersen via NRKs snapchat-konto, som hekkeløperen har disponert i forbindelse med løpet i Manchester.
– Men det skjer ikke neste gang, understreker hun.
Britiske Tiffany Porter ble nummer tre med tiden 13.03.
Terrorpreget by
Fire dager etter eksplosjonen i Manchester Arena der 22 mennesker omkom var Pedersen i byen for å løpe 100 meter hekk i Great City Games fredag kveld.
Etter terrorangrepet ble det diskutert om arrangementet skulle avlyses. Men allerede tirsdag meddelte politiet at det kunne gå som planlagt.
– Stemningen her i Manchester de siste dagene kan sammenlignes med dagene etter 22. juli 2011 hjemme. De gjør veldig mye av det samme som vi gjorde da, sa Isabelle Pedersen til NRK før løpet.
– Jeg har hatt en god sesongstart og gleder meg veldig til duellen med Sally Pearson, sa hun.