Fana-løperen var i mål på tiden 6.20,64. Bergsma gikk på 6.17,49 i et tidligere par.
Dermed vant også Bergsma verdenscupen sammenlagt på distansen, 15 poeng foran Pedersen.
– Jeg er veldig godt fornøyd. Målet var å komme på sammenlagtpallen. Jeg visste at Bergsma ville bli tøff å slå, sier Pedersen til NRK.
Espen Aarnes Hvammen ble nummer sju på 500-meteren i verdenscupavslutningen på skøyter. Han gikk inn til 35,34 lørdag.
Russeren Pavel Kulizjnikov var klart best med 34,71. Han ble tidligere i vinter sprintverdensmester. Lørdag vant han foran nederlenderen Michel Mulder (34,94) og Gerben Jorritsma (35,25).
Ida Njåtun ble nummer fem på 1500-meteren med 1.57,46. Der vant amerikanske Brittany Bowe på 1.55,88.
Håvard Holmefjord Lorentzen kom inn som sjettemann på 1000-meteren med 1.09,67. Her var canadiske Denny Morrison overlegen med 1.09,07.