Gatlin er innstilt til IAAFs pris sammen med ni andre utøvere.
– Personlig har jeg store problemer med det, sa Coe under en sportskonferanse i London tirsdag, ifølge nyhetsbyrået AFP.
Det er fire år siden Gatlin vendte tilbake til idretten etter å ha vært utestengt i åtte år på grunn av doping. Den amerikanske sprinteren innrømmet å ha testet positivt på en dopingprøve i 2006.
Grunnen til den strenge straffen var at han også ble tatt for doping i 2001.
Straffen ble senere redusert til fire år, blant annet fordi han var samarbeidsvillig overfor antidopingmyndigheten.
Løper på supertider
Denne sesongen har han løpt på den ene supertiden etter den ene, og har årsbeste tid i verden på 100 meter med tiden 9,77.
I tillegg har Gatlin seks av de syv beste tidene i verden på 100 meter. Han har også satt de beste tidene noen sinne på 100 og 200 meter for menn over 30 år.
Det er også bakgrunnen for at Gatlin er blitt nominert til prisen av IAAF. Det har imidlertid falt Coe tungt for brystet at en tidligere dopingavslørt kan få prisen.
– Jeg er ikke særlig komfortabel med det, men han har rett til å konkurrere, påpeker Sebastian Coe.
En av de andre nominerte, den tyske diskoskasteren Robert Harting, har også kritisert nominasjonen av Gatlin. Han ønsker amerikaneren fjernet fra lista.
– Langsiktig effekt
Den tidligere friidrettsutøveren Sebastian Coe er en av britenes store olympiere. Han har to OL-gull på 1500 meter og ledet også arbeidet for å få sommer-OL 2012 til London.
Coe er også leder av den britiske olympiske komité, og den tidligere friidrettsutøveren er ikke fornøyd med at Gatlin får konkurrere igjen etter dopingdommen. Han tror Gatlin fremdeles har fortrinn etter dopingjukset.
– Jeg har lenge ment at særlig anabole steroider har en langsiktig effekt, men også muskelbyggende midler har denne virkningen, sier han.
– Effekten er absolutt ikke forbigående, noe vi også har sett når det gjelder prestasjonene til enkelte utøvere.
Forskning i Oslo
Coe viser blant annet til forskning ved Universitet i Oslo, som viser at virkningen av steroider og prestasjonsfremmende midler kan sitte i kroppen i flere tiår.
– Det er sannsynlig at effekten er livsvarig, eller i hvert fall varer i flere tiår. Våre data antyder at utestengelsesperioden på to år er for kort. Selv fire år er for kort, uttaler Kristian Gundersen ved UiO i et intervju til BBC.
– De fleste jeg har møtt innen idretten de siste 20 årene vil fortelle deg det samme, kommenterer OL-vinneren.
- Les også:
Dette er de nominerte til prisen:
Nigel Amos (BOT)
Mutaz Barshim (QAT)
Jairus Kipchoge Birech (KEN)
Bohdan Bondarenko (UKR)
Yohann Diniz (FRA)
Justin Gatlin (USA)
Robert Harting (GER)
Dennis Kipruto Kimetto (KEN)
Renaud Lavillenie (FRA)
LaShawn Merritt (USA)