Cristiano Ronaldo scoret begge målene i den første kampen i München, og høynet til tre i en vill duell i den spanske hovedstaden tirsdag kveld.
Portugiseren stjal igjen showet, men fikk nå selskap av dommeren som viste ut Arturo Vidal like før slutt i ordinær tid og godkjente to Ronaldo-scoringer som skulle vært annullert for offside.
Bayern ledet to ganger og skaffet seg med det ekstraomganger i gigantduellen, men fikk mulighetene for avansement ødelagt av Ronaldo og dommeren på 2-2- og 3-2-målet. 6-3 sammenlagt sørget for at det ble to Madrid-lag som avanserte tirsdag.
– Han (Ronaldo) utgjør en forskjell. Han er en frelser, sier Real Madrid-trener Zinédine Zidane til Sky om spilleren som kom opp i 100 CL-mål tirsdag.
Bayern-trener og tidligere Real-sjef Carlo Ancelotti var ikke overraskende mest opptatt av dommer Viktor Kassai.
– Verre enn vår, sa Ancelotti til tyske medier om mannen med fløytens prestasjon.
– Jeg vet at feil skjer i fotballen, men så alvorlige feil som dette skal ikke skje.
- Les også: Mesterliga-drømmen brast for Leicester
Enorm Marcelo
Allerede etter ti minutters spill fikk tyskerne en kjempesjanse, men Marcelo fikk blokkert fra skrått hold og returen fra Arjen Robben traff nettveggen.
Det tok en halvtime før hjemmefansen spratt opp av stolene, men sjansen som kom var også stor. Manuel Neuers miss i feltet førte til at Sergio Ramos fikk avsluttet forbi keeperen, men Jerome Boateng reddet på streken.
Også Cristiano Ronaldo kom nær i en herlig førsteomgang med enormt tempo og kvalitet som bare to av verdens beste lag kan servere.
Marcelo reddet nok en gang Bayern-scoring kort tid etter pause, men minuttet senere pekte dommeren på straffemerket. Robben slo ballen forbi en Casemiro på etterskudd og suste i bakken selv om ikke umiddelbart kunne vise til noen stor kontakt mellom de to.
Robert Lewandowski var iskald, ventet ut Keylor Navas og plasserte kula i hjørnet. Bayern München yppyet seg de kommende minuttene, men: Cristiano Ronaldo!
14 minutter før slutt snek han seg inn bak Boateng og styrte Casemiros strålende innlegg i mål med hodet.
Real-selvmål
Bayern gikk rett i angrep og Lewandowski forsøkte å legge ballen ned til Müller. Nacho kom mellom de to og pirket kula inn i eget nett bak en sjanseløs Navas.
Seks minutter før slutt fikk Arturo Vidal på meget strengt vis sitt andre gule kort i kampen. Bayern reddet ekstraomganger, men da uret gikk fra 103:59 til 104:00 fikk en offsideplassert Ronaldo ta ned ballen i boksen. Linjemannen markerte ikke og superstjernen smalt inn 2-2-målet med venstrefoten.
Fire minutter ut i andre ekstraomgang var det definitivt over da knallgode Marcelo uselvisk serverte Ronaldo som trillet inn 3-2 og 5-3 sammenlagt. Marco Asensio sørget for ytterligere hjemmejubel da han utnyttet et Bayern i oppløsning kort tid senere.
