Hondo lå som mandag i tetgruppen mot slutten, og 300 meter fra mål startet spurten som gav ham etappeseier nr to.
Belgieren Rik Verbrugghe beholdt den rosa ledertrøya han sikret seg etter en rekordrask prolog, men onsdag kan han komme til å miste den.
Verbrugghe tror selv han vil miste ledelsen i de bratte stigningene på onsdagens tøffe etappe.
3. etappe (149 km, Lucera-Potenza):
1. Danilo Hondo, Tyskland (Telekom), 3.44.30
2) Endrio Leoni, Italia (Alessio), s.t.
3) Andrej Hauptman, Slovena (Tacconi) s.t.
4) Massimo Strazzer, Italia (Mobilvetta) s.t.
5) Davide Rebellin, Italia (Liquigas) s.t.
6) Stefano Garzelli, Italia (Mapei) s.t.
7) Mario Manzoni, Italia (Alexia) s.t.
8) Mariano Piccoli, Italia (Lampre) s.t.
9) Gabriele Missaglia, Italia (Lampre) s.t.
10) Giuseppe di Grande, Italia (Tacconi) s.t.
Sammenlagt:
1) Rik Verbrugghe, Belga (Lotto) 12.46.55
2) Dario Frigo, Italia (Fassa Bortolo) 0.09 min. bak
3) Jan Hruska, Tjekkia (Once) 0.13
4) Abraham Olano, Spania (Once) 0.15
5) Gabriele Colombo, Italia (Cantina Tollo) 0.18
6) Mariano Piccoli 0.20
7) Wladimir Belli, Italia (Fassa Bortolo) 0.26
8) Jose Azevedo, Portugal (Once) 0.28
9) Vladimir Duma, Ukraina (Panaria) 0.29
10) Ellis Rastelli, Italia (Liquigas) 0.30