Rooneys scoringer kom etter åtte og 33 minutter, og det ble til slutt en komfortabel seier for United til tross for et nykomponert forsvar.
Michael Carrick ble trukket tilbake fra sentral midtbane mens Alexander Büttner fikk en sjelden kamp på venstrebacken.
Shinji Kagawa og Juan Mata startet også for første gang sammen, og den kreative duoen viste mye positivt i løpet av kampen.
Som Beckham
Likevel vil de 90 minuttene huskes for Rooneys to scoringer.
Spissen ga bortelaget ledelsen da han overrumplet West Hams Adrián med en halv volley fra like innenfor hjemmelagets banehalvdel og sendte ballen i mål i en vakker bue over keeperen.
– Det brakte tankene tilbake til David Beckhams mål (Mot Wimbledon i 1996), sa United-manager David Moyes etter kampen.
Beckham satt selv på tribunen lørdag, og TV-kameraene var raskt ute med å finne den tidligere United-spilleren som applauderte målet med et smil om munnen.
Da drøye halvtimen var spilt kontret United etter en corner, men det så ut til å renne ut i sanden da Ashley Youngs innlegg gikk forbi Rooney. Mark Noble så ut til å rydde opp, men han klarerte i stedet rett i Rooney som nærmest ble truffet av ballen før den gikk i mål.
Burde scoret flere
I annen omgang presset West Ham mye, men uten å skape de store sjansene. United hadde flere gode kontringer, men sviktet ofte med den siste pasningen.
United beholder 7.-plassen med seieren, og er nå elleve poeng bak Arsenal i kampen om mesterligaplass.
– Vi var veldig gode i dag. Vi spilte fin fotball og den eneste skuffelsen er at vi ikke scoret flere. Vi kastet bort flere sjanser, sa Moyes.
For West Ham betyr tapet at de fortsatt er i fare for å rykke ned selv om de har et pusterom på seks poeng ned til Sunderland på 18.-plass.