Nadal vant med settsifrene 6-4, 1-6, 6-4.
Et feilslag fra Djokovic sikret seieren for Nadal. Serberen hadde en helt åpen smash på Nadals matchball, men slo ballen langt ut av banen.
Nadal, som blir ny verdensener etter finalen, har vunnet sju trofeer denne sesongen, inkludert French Open og Wimbledon.
I finalen møter Nadal chilenske Fernando Gonzalez, som slo ut amerikanske James Blake i den andre semifinalen med 4-6, 7-5, 11-9.
Blake, som slo ut selveste Roger Federer i kvartfinalen, beskyldte Gonzalez for å opptre usportslig fordi han mente Gonzalez var borti en ball som forsvant ut.
Les også:
Federer videre i double
Roger Federer og hans makker Stanislas Wawrinka tok seg videre til finalen i doubleturneringen i dag etter å ha slått amerikanske Bob og Mike Bryan 6-2, 6-4.
Der møter de svenskene Thomas Johansson og Simon Aspelin, som slo franske Michael Llodra og Arnaud Clement med sifrene 7-6 (8-6), 4-6, 19-17. Kampen varte i over fire timer.
