Messi ble først skadd i mesterligakampen mot Paris Saint-Germain i april, og søndag slo argentineren opp skaden i seriekampen mot Atletico Madrid.
Barcelona sikret seriegullet lørdag da Real Madrid måtte nøye seg med uavgjort mot Espanyol.
Ifølge Barcelona-ledelsen blir Messi borte fra fotballbanen i to til tre uker. Dermed blir han stående på 46 seriemål denne sesongen.
Mister rekordmulighet
I fjor endte Messi på 50 seriemål, som var ny rekord. I år har han ligget foran skjema til å slå rekorden, men ettersom han nå går glipp av sesongens tre siste kamper, er rekorden utenfor rekkevidde.
Han blir trolig skadefri i tide til Argentinas VM-kvalifiseringskamper mot Colombia 7. juni og mot Ecuador fire dager senere. Argentina topper den søramerikanske VM-kvalifiseringen.