Linekers kommentarer kom i kjølvannet av IOCs utestengelse av Russland i 2018-OL.
Her ble det også klart at Vitalij Mutko, nåværende visestatsminister og fotball-VM-general, utestenges fra OL på livstid.
Mutko er tidligere sportsminister og var helt sentral i oppbygningen av Russlands omfattende dopingprogram, konkluderer både McLaren-rapporten og IOCs egen gransking.
Nå er det store spørsmålet hvordan vertsnasjonen, og ikke minst FIFA, kan forsvare at Mutko beholder ansvaret i VM.
Lineker ledet VM-trekningen i Moskva 1. desember, noe engelskmannen forklarer med at VM ikke er et OL.
Her kommer han også inn på temaet om doping i fotball.
– Jeg var vert for FIFAs VM, ikke Russlands. Doping er egentlig ikke et problem i fotball. Doping hjelper ikke spillere å prestere bedre. Ingen mengder doping vil hjelpe deg å spille pasninger, drible, skyte eller hjelpe Russland å vinne VM, skrev Lineker på Twitter tirsdag kveld.
– Kanskje naiv
Lineker fortsatte å argumentere med at han har snakket med så mange spillere som ikke har hørt om doping i fotball.
Den tidligere England-helten mener at hvis den eneste prestasjonsfremmende effekten er høyere løpskapasitet, ville det vært «en latterlig risiko for en minimal fordel».
Lineker møtte sterk motstand av kritikere som mener fotballeksperten i bestefall er naiv.
Onsdag morgen slettet Lineker den førstnevnte tweeten.
– Det var ikke godt formulert. Jeg er kanskje naiv, det er ikke mitt fagfelt og jeg er kanskje skyldig i å ikke ønske at det skal være tilfelle siden det vil besudle sporten jeg elsker. Jeg vil bli sjokkert hvis det florerer. Jeg har aldri opplevd det, skriver Lineker.
Ved siden av de faktiske dopingsakene i fotballen, frykter mange at problemet har vært, og er, langt mer utbredt enn hva som er avdekket.
Gregorij Rodtsjenkov, som er hovedvitne i Russland-avsløringene, har uttalt at flere fotballspillere var en del av Russlands statsstøttede dopingprogram.
IOCs granskingskommisjoner fant ikke bevis nok til å slå fast at Rodtsjenkovs påstander om russiske fotballspillere stemmer, men kommisjonsleder Samuel Schmid påpekte samtidig at det ikke betydde at det ikke var sant.
Nå er spørsmålet hvordan Russland og FIFA vil håndtere saken.
– Idretten henger sammen
– Jeg tenker at det er et veldig tydelig signal fra IOC, og så må de som håndterer spørsmål om fotball-VM ta stilling til det. Om det får betydning for deres avgjørelser, sier IOC-medlem Kristin Kloster Aaasen til NRK.
– Hva mener du?
– Jeg mener idretten henger sammen, så det er helt sikkert naturlig å ta det til vurdering. Men det vil jeg ikke ha noen mening om, det må de ansvarlige mene noe om selv, sier Aasen.
FIFA-president Gianni Infantino har allerede uttalt at IOC-dommen ikke får konsekvenser for Mutko eller VM.
Det var også budskapet i en generell FIFA-uttalelse noen timer etter avgjørelsen.
– Det får ingen påvirkning for forberedelsene til 2018-VM ettersom vi fortsetter å arbeide med å levere et best mulig arrangement, heter det i FIFA-uttalelsen, ifølge The Guardian.
En talsmann for Russland-president Vladimir Putin opplyser at presidenten og Kreml trenger tid før de kommenterer IOCs beslutning.
Putin har tidligere, i likhet med hans høyre hånd Mutko, avvist alle anklager om et dopingregime i Russland.
Russiske myndigheter har etterlyst Rodtsjenkov, som de mener ikke har noen troverdighet overhodet.
– Det har aldri vært manipulasjon av dopingprøver, og det vil heller ikke skje. Om enkeltindivider gjør det, vil de stilles til ansvar, sa Mutko noen dager før han ble utestengt av IOC.