I en pressemelding heter det at laget ikke hadde noe annet valg ettersom Barguil ikke har rettet seg etter lagets taktikk.
25-åringen, som tok to etappeseirer og klatretrøya i Tour de France i sommer, har selv åpent erkjent at han ikke har kjørt i overensstemmelse med lagets uttalte mål.
– Vi har ikke noe annet valg enn å gjøre som vi har gjort, heter det fra Sunweb.
Striden handler om at Warren Barguil har nektet å underkaste seg lagets kaptein Wilco Kelderman. I stedet har han kjørt for egne sjanser i det spanske etappeløpet.
– Dette er lagets beslutning. Jeg føler meg i god form og har bra bein. Jeg har sett for meg en annen rolle og har lyst til å angripe i fjellene, slik jeg gjorde i Tour de France. Dette er selvsagt skuffende, men jeg må bare akseptere lagets beslutning, sa Barguil.
Barguil lå på 13.-plass i sammendraget før lørdagens 8. etappe med to sekunder ned til Kelderman litt lenger bak i løypa.
Den franske fjellgeita forlater Sunweb etter denne sesongen. Han har signert en treårskontrakt med Fortuneo-laget.