Jönsson var innblandet i en massefall der fire av de seks løperne i semifinalen gikk overende.
De tre andre kom seg raskt på beina igjen og fullførte løpet, men Jönsson kjørte ut i skogen i svenske Sundsvall.
Han kom seg etterhvert på beina, men haltet tydelig og ble fraktet med snøscooter til målområdet.
- Det skal ikke være en stor skade. Han har fått en slag i et ben i leggen, sier pressesjefen for det svenske skilandslanslaget Torbjörn Nordvall, til NRK.
I finalen noe senere på dagen vant Jesper Modin foran Calle Halfvarsson.
Artikkelen fortsetter under bildet.
Hemmelig skade
Uhellet kommer dagen etter at svenske Aftonbladet avslørte at Jönsson har en hemmelig skade som gjør at han må konkurrere med bandasje.
Det er en skade han pådro seg i sommer som har ført til problemene for et av de største svenske VM-håpene.
- En sene i foten sprakk i sommer og jeg kunne ikke skøyte på to måneder, sier Emil Jönsson til avisen.
Skaden skjedde da Jönsson var på treningsleir i Molde i sommer der han var ute på en sju timer lang treningsøkt på rulleski.
Sesongens bestemann
Jönsson har vunnet to av sprintløpene i verdenscupen denne sesongen, i Düsseldorf og Davos.
Han ledet sprintcupen sammenlagt foran lørdagens verdenscuprenn med 330 poeng, foran Ola Vigen Hattestad.
Sprinten i ski-VM går den første konkurransedagen, torsdag 24. februar.