Bøkko gikk inn på tiden 1.45,27.
Nordmannen var i en klasse for seg og endte 0,88 sekund foran toer Trevor Marsicano fra USA.
Stefan Groothuis fra Nederland gikk inn til tredje plass.
- Siden jeg gikk så dårlig forrige helg, måtte jeg gå tidlig. Det var skikkelig gøy å se at alle andre gikk bak deg. Det var en fin følelse og kjempeartig, sier Bøkko til NRK.
Femte verdenscupseier
Dette er Bøkkos femte verdenscupseier, og hans annen 1500-metertriumf i verdenscupen noensinne.
Nordmannen gikk i par med Lucas Makowsky fra Canada, som endte på 5. plass. Han fikk tiden 1.46,32.
- Jeg visste at løpet mitt var veldig bra, og da Shani hadde en runde igjen visste jeg at han ikke ville greie det, sier han.
Dermed ble det endelig seier til Bøkko, etter at han var litt skuffet etter 3. plassen på 5000 meteren fredag.
– Jeg var nær seieren, sa Håvard Bøkko til NRK etter det løpet.
Les:
Davis fikk det ikke til
I verdenscupåpningen i Heerenveen var Bøkko preget av sykdom og gikk inn til niendeplass på distansen.
Da vant amerikanske Shani Davis som han ville. Søndag fikk ikke amerikaneren klaff og skuffet med sjuendeplass.
Davis tok sølv på 1500 meter i Vancouver-OL sist vinter bak nederlandske Mark Tuitert og foran Bøkko.
- Neste helg er det løp på Hamar, så jeg håper at resultatene til for eksempel Ida og meg får folk til å møte opp, sier Håvard Bøkko.
- Det er moro å være på dette laget nå.
Nummer to sammenlagt
Tuitert greide bare tiendeplass lørdag. Han ble slått med 1,25 sekund. Bøkko er nå nummer to i verdenscupen sammenlagt på distansen etter to løp, åtte poeng bak Davis.
Mikael Flygind-Larsen ble nest beste nordmann på 12. plass med tiden 1.47,31 - 2,04 bak Bøkko. Henrik Christiansen kom på 18. plass med tiden 1.49,71.
Les også: